В 1993 году футбольный девичий коллектив обрел нынешнее название. Тогда «Кубаночка» попробовала себя в чемпионате России, правда уже среди команд второй лиги. К сожалению, сложное финансовое положение краснодарского клуба вынудило руководство сняться с соревнований. Как окажется позднее вынужденная пауза продлится шесть лет. 19 января 2007 года — вторая дата рождения «Кубаночка». Благодаря администрации Краснодарского края, в светлый православный праздник Крещение, впервые за несколько лет была собрана новая команда. Тренером «Кубаночки» стала воспитанница кубанского футбола, бывший игрок ведущих клубов России и Германии, мастер спорта Татьяна Зайцева. Помогала ей на этом непростом поприще другая выдающаяся кубанская футболистка — Наталья Дыгай. На базе СДЮШОР по игровым видам спорта, возглавляемой Федором Мусатовым, была создана команда «Кубаночка-СДЮШОР», официальный дебют которой состоялся 29 апреля 2007 года – команда проводила матч 1/8 финала Кубка России против ростовского клуба «СКА-Ростов». Так началась новая страница летописи профессионального футбола на Кубани среди девушек. Спустя два года после возрождения клуба, коллектив уже стоял на пьедестале почета среди команд Первого дивизиона чемпионата России. Таким образом, в 2009-м году «Кубаночка» пробила себе в спортивном сезоне 2011-2012 в ФК «Кубаночка» был сформирован дублирующий состав, который принял участие в первенстве России среди клубов Первого дивизиона и занял 3-е место с зоне «Юг». В 2014 году команда «Кубаночка-Д» выходит на первое место в турнирной таблице первенства России среди дублирующих составов клубов Высшего дивизиона. В сезоне-2013 футболистки основного состава «Кубаночки» впервые за новейшую историю клуба поднялись на пятую строчку в турнирной таблице среди команд Высшего дивизиона и удержали эту позицию в сезоне-2014. Последующие три сезона вошли в история клуба как наиболее успешные по выступлению в Кубке России. С 2014 по 2016 года краснодарские футболистки выходили в финал турнира, но завоевать трофей им так не удалось. Сначала в столице южанки уступили «Рязани-ВДВ» — 5:0, а в последствии на пути краснодарок дважды встала «Звезда-2005». В нынешнем сезоне «Кубаночка» представляет собой сплав опыта и молодости. В межсезонье команда претерпела масштабную перестройку, но сумела сохранить многолетний костяк. Заменить ушедших игроков были призваны молодые девушки, завоевавшие «золото» первого дивизиона в ноябре в Крымске.

После десяти туров наш ближайший соперник с тринадцатью набранными очками располагается на третьей строчке Чемпионата России среди команд высшей лиги.